在SSH中最常用的就是shell协议，在OnTheSSH中可以多种方式来打开一个shell终端：
- 在左侧栏中双击一个远端主机名
- 在左侧栏中用鼠标点击一个远端主机名，然后点击右侧的“shell终端”按钮
- 复制一个IP地址到系统剪贴板（详细看后面的SSH便捷连接）
shell终端窗口的底部右侧，有功能键和行列数的信息：
- Ctrl+H: 打开帮助窗口
- Ctrl+T: 打开设置窗口
- Lines: 显示shell窗口的行数（字符高度），当鼠标拉伸窗口时，此行数将变化
- Colnums: 显示shell窗口的列数（字符宽度），当鼠标拉伸窗口时，此列数将变化
帮助窗口
Ctrl+H将打开帮助窗口。
帮助窗口默认会出现在程序窗口的右侧，显示常用shell命令的帮助信息。注意帮助内容和shell终端是联动的，如shell终端中输入’p’字符，帮助窗口自动显示几个以p字符开始的命令，如上图。
设置窗口
Ctrl+T将打开设置窗口。
在这里可以设置显示字体的大小、颜色样式、光标是否闪烁、是否支持输入法。如果勾选下面的“永久保存设置”，则本次设置在以后打开此远端主机shell窗口时也有效，如果不勾选只是当前shell窗口有效。
鼠标
鼠标在shell终端中，有以下作用：
| 双击 | 选择单词，同时将选择文字复制到系统剪贴板 |
| 选择（拖动） | 将选择文字复制到系统剪贴板 |
| 右键单击 | 将系统剪贴板内容复制到光标处 |
| 滚轮 | 窗口滚动（使用备用窗口如vim程序时无效） |
SSH便捷连接
一般情况下要连接一个远端Linux主机，在OnTheSSH程序中需要先创建这个远端主机（在左侧栏中）。某些情况时仅需要临时连接到这个远端主机，这里提供了一种便捷方法：
复制这个远端主机的“连接信息”到剪贴板，这时程序会识别到这个“连接信息”，并以闪动图标进行提示（在左侧“近期”栏），当点击这个闪动图标将弹出窗口，引导你进行后续的操作。
程序会自动识别剪贴板中的第一个“连接信息”，有以下几种：
- ip地址，如 192.168.2.45
- 地址和端口，如 10.2.3.4:2222
- 地址、端口和用户名，如 test@127.0.0.1:800
出于安全原因，不提供密码的识别。
这可能对运维人员非常有用，他们平时管理几十个、上百个远端主机，并使用记事本、Excel等工具来记录连接信息，便捷连接功能可以配合他们的使用习惯。当要连接到一个远端主机时，可以从记事本或Excel中复制这个主机的连接信息（如 root@10.10.3.4:22）到剪贴板，然后点击“闪动图标”进行SSH连接。